“是在nios核中配置FLASH接口，放在FALSH中。
还是可以直接放在FPGA的配置芯片中。
”

这就由你的需要决定了，如果你想在FPGA上的ram中放程序就在片上，如果在flash中就烧到flash里（更常见，且为大的程序）

http://bbs.eccn.com/ecbbs/dispbbs.asp?BoardID=9&ID=33748&replyID=&skin=1

你可以看一看这个，nios入门教程。