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标题: 在 IBM POWER8 系统上编译和运行 Weather Research and Forecasting 数据（2） [打印本页]

作者: look_w 时间: 2017-12-8 11:57 标题: 在 IBM POWER8 系统上编译和运行 Weather Research and Forecasting 数据（2）

编译 WPS解压 WPSV3.5.1.TAR.gz 并运行配置脚本，创建 make 文件。运行配置脚本。然后会提示您进行选择：
清单 13. WRF 编译配置脚本的结果

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Please select from among the following supported platforms.

1.  Linux ppc64 Power775 xl compilers & MPICH2 comms  (serial)
2.  Linux ppc64 Power775 xl compilers & MPICH2 comms  (serial_NO_GRIB2)
3.  Linux ppc64 Power775 xl compilers & MPICH2 comms  (dmpar)
4.  Linux ppc64 Power775 xl compilers & MPICH2 comms  (dmpar_NO_GRIB2)
5.  Linux ppc64 BG bglxf compiler with blxlc (dmpar)

Enter selection [1-5] :

选择 3.Linux ppc64 Power775 xl compilers & MPICH2 comms (dmpar)。
WPS3.5.1 仍然无法识别最新的 POWER8 系统。它生成一个名为 configure.wps 的文件，其中包含变量定义并会在执行 make 时读取该文件。修改 configure.wps 中的 WRF 相对路径值。

1	WRF_DIR = ../../wrf_arw/WRFV3

备注：在 wrf_arw/WRFV3 后不要有空格。否则会出现错误。
按如下所示修改此字段：
清单 14. 修改字段

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CPP                = /opt/ibm/xlf/15.1.0/exe/cpp -C -P
MPICH2_SYS       = /opt/ibmhpc/pecurrent/mpich2/gnu
MPI_INC          = -I$(MPICH2_SYS)/include64
MPI_LIB          = -L$(MPICH2_SYS)/lib64 –lmpi
FC                = xlf95_r
SFC                = xlf95_r
CC                = mpicc -DMPI2_SUPPORT -DFSEEKO64_OK
CPPFLAGS          = -DAIX -DIBM4 -DIO_NETCDF -DIO_BINARY -DIO_GRIB1 -DBIT32 -D_MPI

保存更改并执行 ./compile > &compile.log，开始编译工作并将日志写入到 compile.log 文件中。WPS 编译后，将生成这个 exe 文件：
清单 15. 编译成功后会生成 Exe 文件

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[loadl@tul237p5 WPS]$ ll *.exe
lrwxrwxrwx 1 loadl loadl 23 Aug 12 00:37 geogrid.exe -> geogrid/src/geogrid.exe
lrwxrwxrwx 1 loadl loadl 23 Aug 12 00:37 metgrid.exe -> metgrid/src/metgrid.exe
lrwxrwxrwx 1 loadl loadl 21 Aug 12 00:37 ungrib.exe -> ungrib/src/ungrib.exe

在 POWER8 上运行 WRF要运行 WRF，需要准备 WRF 输入数据，这需要 WPS 提前处理天气输入数据。使用 geogrid.exe 生成静态陆地数据。使用 ungrib.exe 对天气输入 GRIB 气象数据进行解包。使用 metgrid.exe 生成 WRF 的输入，这会将大气数据横向插入到模型域上。使用 real.exe 将该数据纵向插入到模型的坐标上。
图 2. WRF 数据流程

ungrib.exe、geogrid.exe 和 metgrid.exe 在单个进程中执行。Real.exe 和 wrf.exe 在并行模式下执行。这意味着 PE 在交互式模式下同时执行 real.exe 和 wrf.exe。
下面是一个在交互式模式下使用 PE 运行 WRF 的示例。
在启用了 SMT4 的 POWER8 系统上，CPU 数量是核心数量的 4 倍。我建议您使用 nmon 监视系统资源和使用情况，如这个 20 核心 POWER8 系统示例所示：
图 3. nmon 工具读取 CPU 信息

POWER8 芯片很新，以至于 nmon 无法正确识别它的型号，但它可读取 CPU 频率 (4.1GHz) 和 SMT 值 (SMT=4)。
设置 MP_TASK_AFFINITY=core 后，并行任务的最大数量为总核心数。所以在我的 20 核心 POWER8 环境中，该数量为 20。
设置 MP_TASK_AFFINITY=cpu 后，并行任务的最大数量为总的 CPU 数量。所以在我的 20 核心 POWER8 (SMT4) 环境上，该数量为 80。
命令 poe 是 PE 的主要可执行程序，用于调用并行计算任务。Poe 需要一个 hostfile，该文件可描述此主机上可用的 CPU 资源总量。该 hostfile 可能名为 host.list。可在每行上使用 “<hostname>*数量” 来描述资源。例如：

1 2	myhost0120 myhost0210

在本例中，我将 hostfile 内容设置为 myhost*80。
然后使用这个 poe 命令启动 WRF 并行计算。

1	poe /home/loadl/project/wrf.exe -hostfile /home/loadl/project/host.list –procs 78

-procs 78 表示共启动了 78 个并行任务。此数量必须小于 hostfile 中描述的总资源数量。
如果设置 MP_TASK_AFFINITY=core 并仍然尝试启动 78 个并行任务，您会获得一个错误：
ERROR:0031-758 AFFINITY:Oversubscribe:78 tasks in total, each task requires 1 resource, but there are only 20 available resource.Affinity can not be applied.
ERROR:0031-161 EOF on socket connection with node myhost
我在我的 20 核心 POWER8 机器上使用了不同的设置，对一个 WRF 域模型执行了测试。我发现：

设置 MP_TASK_AFFINITY=cpu 和 procs=78 会得到最佳的性能。在 WRF 运行时，CPU 使用情况与下面所示内容类似：图 4. 使用设置 MP_TASK_AFFINITY=cpu 和 procs=78 的 CPU 使用情况
设置 MP_TASK_AFFINITY=cpu 和 procs=80。尽管这会用尽所有 CPU 资源，但性能很差，因为没有委托的 CPU 资源来管理 I/O。这会影响总体性能。
设置 MP_TASK_AFFINITY=core 和 procs = 20 很好，但没有设置 MP_TASK_AFFINITY=cpu 时的性能高。WRF 运行时，CPU 使用情况与下面所示内容类似：图 5. 使用设置 MP_TASK_AFFINITY=core 的 CPU 使用情况

结束语本教程介绍了如何在 POWER8 系统上编译和运行基本的 Weather Research and Forecasting (WRF) Model。XL C/Fortran 编译器和 POWER8 CPU 支持 WRF 并行计算。通过使用 POWER8 CPU，可缩短预报天气的过程并创造更多的商业价值。

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