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我想你可以考虑以下几点：
1、clr irq应该清status register，而不是edgecapture；
2、测试过程不应该凭视觉来判断是否产生中断，我想有更好的方法，如测试仪器或从串口输出信息；
3、系统中断是否已经开启，不能仅打开IO interrupt；起码在上面的代码中我没看到你打开系统中断！
4、关于硬件配置是否正确，还应检查下，特别是SOPC中的相关配置。

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我早上也做了个试验，发现程序是在中断服务程序void _nr_isr_handler(void)中死机的，而且是执行到irq_handler(irq_context, i, interruptee_pc);
目前我也没想到会是什么原因，但肯定是这个调用失败的！

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经过一天的测试，你这样改下就应该可以的：
把源文件nios_isr_handler.c中定义的
static int irq_context[NIOS2_NIRQ];
static nios_isrhandlerproc2 irq_handler [NIOS2_NIRQ];
初始化下，改为
//static
int irq_context[NIOS2_NIRQ]={0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0};
//static
nios_isrhandlerproc2 irq_handler [NIOS2_NIRQ]={0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0};
试试看吧，祝你好运！

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在测试过程中，我在中断中监控数组irq_handler[]，发现其值发生变化，故做此修改！    你试试看有没有别的办法，尽量不要修改SDK文件！    一起探讨！

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其实中断响应并不快，如果要及时处理的还是用查询好！