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如果初始化程序做得比较完善的话，一般不会出现这样的情况。调试模式和正常运行模式的区别，主要在于某些寄存器在正常运行模式下只能单次写入。另外，未经过初始化的寄存器和RAM中的内容也可能不同。

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调试器本身并不给芯片提供时钟，在调试状态下芯片也还是采用目标板上的时钟或内部时钟。可以检查一下时钟的初始化程序，看是否有多次写入的情况。