答：这个问题好像难倒过很多人，其实在运行nios2linux-1.4安装的第一步，里面有个提示：
Information Regarding the Installation Procedure
IMPORTANT: Please ensure that you specify the correct path for the Altera Nios II Kit installation directory and the Cygwin root directory. The typical Altera Nios II Kit directory is:c:\altera\kits\nios2
The typical Cygwin root directory is:
c:\altera\quartus50\bin\cygwin
问题的关键就是上面的路径不正确。对于Nios 5.1和6.0的路径分别为nios_51和nios_60,都不是nios2，所以安装后找不到模板工程很正常。但它的一些必要文件又确实是安装在了nios_51或nios_60中。我也遇到了过同样的问题，想到了一个简单的方法可以解决：
1.把文件夹nios_51或nios_60改为nios2，启动Nios II，就可以看到所需模板工程。
2.退出Nios II，把文件夹名还原。
3.再次启动Nios II，你会发现模板工程依然还在。
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